简单来说，董卓是东汉政府军，马腾是西凉叛乱军。凉州位于东汉西北边陲，又是羌人、氐人和汉人杂居地区，所以管理起来非常不便。自东汉中期以来，凉州羌族发起数次叛乱，东汉政府断断续续镇压了100多年，死伤百万之众，才将大规模叛乱初步平定。

祖籍陇西临洮的董卓便是在征讨羌族的战斗中崭露头角的。167年，董卓拜于护匈奴中郎将张奂帐下，因率兵平定羌乱有功，加官进爵。此时的马腾还是个陇西的穷少年，以打柴为生。

灵帝末年董卓升为并州刺史，不久黄巾起义爆发，董卓率部平叛，因出战不利被定为“减死罪一等”。但董卓不久赶上大赦，免于牢狱之灾。

就在同时，凉州再次变乱。185年，韩遂、北宫伯玉等人纠集羌、氐叛军进攻三辅地区。东汉政府焦头烂额，急忙任命车骑将军皇甫嵩为主帅统兵出征。而董卓因为熟悉西凉又有对羌作战经验得以再次为官，被任命为中郎将，为皇甫嵩的副将，率军平叛。

战争持续了两年时间，东汉政府军进展缓慢，但董卓的表现还算可以。187年，马腾应征入伍，在平叛中表现出色，被朝廷任命为偏将军。不久凉州刺史耿鄙因战事失利被部下刺杀，凉州群龙无首，马腾便与叛军首领韩遂、王国等人联合作乱。189年，马腾等人进兵三辅，围攻皇甫嵩和董卓的驻地陈仓。

董卓和皇甫嵩坚守陈仓，抵御马腾、韩遂、王国等人80多天的围攻。马腾等人精疲力尽，率军撤退，皇甫嵩让董卓殿后，自己率军出城追击，大破叛军，并斩杀王国。此后马腾和韩遂便退军割据西凉，在相互攻伐之下势力渐衰，马腾的妻子被韩遂所杀。

不久灵帝病重，诏董卓为并州刺史，并让他把军队留给皇甫嵩指挥。董卓虽然接受了诏命，但因为不满皇甫嵩独吞战功，也不想就此放弃拉扯起来的军队，所以执意要带着本部兵马到并州赴任。

皇甫嵩向朝廷告状，但董卓就是不肯让步，灵帝对此也没有办法。最终董卓带着5000人启程赴任，在河东郡停留下来，静观局势变动。

189年4月灵帝驾崩，大将军何进诏董卓率部入京诛杀宦官。董卓走到洛阳郊区，何进被宦官所杀，洛阳城内乱作一团，最终董卓趁虚而入，控制朝廷，擅行废立，排除异己，大权独揽。

190年，关东联军讨伐董卓。董卓兵败，于191年西迁长安，他特意让自己的老上司皇甫嵩跪地迎接，以示侮辱。同时为增强势力，董卓招马腾和韩遂率军前来共同抵御关东联军，拿下洛阳，马腾、韩遂应允。

192年4月，董卓被王允和吕布设计刺杀。5月，李傕、郭汜攻下长安城，王允死于乱军之中，吕布出逃。6月，马腾、韩遂达到长安，控制朝廷的李傕任命马腾为征西将军。

综上所述，董卓是政府军，马腾是叛乱军，两人曾交手数次。但在董卓迁都长安后，两人为了共同利益达成了合作关系。可马腾率部赶到长安的时候，董卓已经被吕布刺杀。